多序列比对(ProgressiveMultipleAlignments)WMFitchKTYasunobu1975FengDoolittle1987guidetreeindelClustalWEBIClustalOmegahttp://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/MAFFT（MultipleAlignmentusingFastFourierTransformEBIMAFFThttp://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/mafft/DNAxyz基于一致性的方法是充分利用多个序列间的比对信息对配对比对进行更合理的计分。xizkyjProbConsT-CoffeeProbCons网址：http://probcons.stanford.edu/index.htmlT-CoffeeEBIT-Coffeehttps://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/tcoffee/DNA
多序列比对(SNPs)①动态规划算法(DynamicProgrammingAlgorithm)②渐进的多序列比对(ProgressiveMultipleAlignments)③迭代法(IterativeMethods)④基于一致性的方法(HiddenMarkovModelHMM)s=ATGCt=ATGTTATw=ATCGTAC+p（―，tj）di-1,jdi-1,j-1di,j-1di,j+p（si，―）SSi,j,k①②③④⑤⑥⑦
动态规划算法局部比对和实例----AGCT----ATGCAGCTGCTTSmith-Waterman),(,)(),(max1,,11,1,jjiijijijijitpdpsdpstddd0,0=0Globalalignment),(,)(),(max1,,11,1,jjiijijijijitpdpsdtpsddd0,0=00Localalignment0ATTCCATTCGA01234564-3-4012345sATTCCAtTTCGAACTTCGACTAGATTCCA0TTCGA01234564-3-4012345+p（―，tj）di-1,jdi-1,j-1di,j-1di,j+p（si，―）0ACTTCGACTAGA...
动态规划算法——全局比对实例ACTTCGACTAG01234563-1-2012345sACTTCGtACTAGACTTCGACTAGACTTCG0ACTAG01234563-1-2012345+p（―，tj）di-1,jdi-1,j-1di,j-1di,j+p（si，―）ACTTCG0-2ACTAG+p（―，tj）di-1,jdi-1,j-1di,j-1di,j+p（si，―）3-1-20123456012345ACTTCG0-2-4-6-8-10-12ACTAG+p（―，tj）di-1,jdi-1,j-1di,j-1di,j+p（si，―）3-1-20123456012345ACTTCG0-2-4-6-8-10-12A-2CTAG+p（―，tj）di-1,jdi-1,j-1di,j-1di,j+p...
双序列比对动态规划算法300ATTCCGAAGAAGTCGAAGGT2300——(DynamicProgrammingAlgorithm)►Needleman-Wunsch►Smith-WatermanC1C2W1W21C1+w12C2+w2ATTCCGAAGAAGTCGAAGGTATTCCGAAGAGTCGAAGGAT+-T+A+-stmns0s1s2si-1sisi+1smt0t1t2tj-1tjtj+1tnsitjsi--tj0s1s2si-1sisi+1sm0t1t2tj-1tjtj+1tn0s1s2si-1sisi+1sm0t1t2tj-tj+1tn0s1s2si-si+1sm0t1t2tj-1tjtj+1tnS0:s:i0:t:j0:s:i0:t:j0:s:i0:t:j)(,):,:...
替换计分矩阵12geniticcodematrixGCM3hydrophobicmatrix4PAMPointAcceptedMutation5BLOSUMBlocksAminoAcidSubstitutionMatricesjijiRij01Rijijij11→→122→→2MetAUGTyrUAUUACPAMPAMPAMDr.MargaretOakleyDayhoff(1925-1983)1978DayhoffPAM≥85%711572PAMPAM100PAMPAM11PAM1001PAM-NPAM1nPAM-NPAM250100250PAM250BLOSUMBLOSUMPAMBLOSUMAACECBLOSUMBLOSUMBLOSUM-NBLOSUM-6262%PAM——BLOSUM——BLOSUM→BLOSUM→BLOSUM62PAMBLOSUMPAMBLOSUM
替换计分矩阵EQUAEQUVEQUKAsnAspGluSerCysTrpDNAA={ACGT}unitarymatrixBLAST-transition-transversionmatrix1”0”ATCGA1000T0100C0010G0001BLAST+5”-4”BLASTATCGA5-4-4-4T-45-4-4C-4-45-4G-4-4-45-transversionDNAA→CA→TtransitionDNAA→GC→T-1”-5”-
相似和距离的定量描述DNAGCATGACGAATCAGTATGACAAACAGCGCATGACGAATCAGTATGAC-AAACAGCGCATGACGAATCAGTATGACAAACAGCHammingEditOperation用字符“-”代表空位MatchaaDeletea-ReplaceabbaEditOperation用字符“-”代表空位Insert-bbACCGACAATATGCATAATAGGTATAACAGTCAACCGACAATATGCATAACTGACAATATGGATACTAGTCGAGGCAATCTGAACAGCTTCGTTAGTCTAGTCGAGGCAATCTCTTGTCGAAGCAATCAs:AGCACACAAGCACACA...
字母表和序列表示方法4DNA{A,C,G,T}IUPACIUPACNA或C或G或T（U）V非TSG或CH非GMA或CD非CRA或GB非AWA或T（U）TT（胸腺嘧啶）KG或T（U）GG（鸟嘌呤）YC或T（U）CC（胞嘧啶）UU（尿嘧啶）AA（腺嘌呤）代码核苷酸代码核苷酸NA或C或G或T（U）V非TSG或CH非GMA或CD非CRA或GB非AWA或T（U）TT（胸腺嘧啶）KG或T（U）GG（鸟嘌呤）YC或T（U）CC（胞嘧啶）UU（尿嘧啶）AA（腺嘌呤）代码核苷酸代码核苷酸IUPACInternationalUnionofPureandAppl...
DNA与蛋白质序列比对123序列比对基础1234sequencealignmentpairwisesequencealignmentmultiplesequencealignmentglobalalignmentlocalalignmentidentityTHISISA-SEQUENCETH----ATSEQUENCE1611=68.75%SimilarityTHISISA-SEQUENCETH----ATSEQUENCETHISISASEQUENCETHAT---SEQUENCE-OHHomologyOrthologyParalogyparalogsconvergentevolutionDNA
利用比对实验利用比对实验强化检验质量保证强化检验质量保证内蒙古自治区食品药品检验所内蒙古自治区食品药品检验所二〇〇九年十月二〇〇九年十月利用比对实验强化检验质量保证利用比对实验强化检验质量保证检验工作是评价质量的主要手段之一检验工作是评价质量的主要手段之一,,检验检验的结果将决定产品的命运。的结果将决定产品的命运。检验数据是检验结果的重要依据检验数据是检验结果的重要依据,,而检验数而检验数据的...
本科生毕业论文饲料钙磷比对军曹鱼幼鱼（juvenilecobia）生长和体成分的影响Effectsofdietarycalcium(Ca)/phosphorus(P)ratioongrowthperformanceandbodycompositionofjuvenilecobia学生姓名所在专业水产养殖学所在班级申请学位农学学士指导教师职称答辩时间2010年6月12日目录摘要............................................................................................................................................
基团数比对聚合度的影响基团数比对聚合度的影响调控制Xn的有效方法是端基封锁，使一定聚合度的大分子链失去活性。aAa与bBb体系：使一单体稍稍过量（非等基团数），或加少量单官能团物质，使大分子链端带有相同的官能团，即可使之失去进一步聚合的活性。aRb体系：加少量单官能团物质，亦起封端作用。aAa和bBb反应，bBb稍过量令Na、Nb分别为官能团a、b的起始数，则两种单体的官能团数r之比为：1abNrNbBb单体的分子过量分率q...
多序列比对的原理以及clustal在多序列比对中的应用中山大学生科院2003年10月内容提要•多序列比对的意义•多序列比对的方法•自动多序列比对的算法•Clustalx的使用（clustal法）•实例分析序列相似性比较和序列同源性分析序列相似性比较：就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有BLAST、FAS...
序列比对基础与序列比对基础与BLASTBLAST入门入门序列比对基础与序列比对基础与BLASTBLAST入门入门序列比对序列比对基础与基础与BLASTBLAST入门入门教材教材PagePage6868，，第五章第五章本次课重点讲本次课重点讲BLASTBLAST的使用的使用下次理论课对本次课的内容进行总结、补充和下次理论课对本次课的内容进行总结、补充和深化深化YourtruevaluedependsentirelyonwhatYourtruevaluedependsentirelyonwhatyouarecomparedw...
第1页共10页书山有路勤为径，学海无涯苦作舟。开展涉税信息比对经验交流材料数据分析应用是信息管税的基础，在数据处理分析应用方面，xxxxxx以数据质量管控和处理分析”为主线，以强化动态报告落实，助力风险防控为目标，形成数据管税长效机制，充分发挥科技引领作用，有力促进了征管质效的全面提升。一、打造绿色健康、全面覆盖的数据网络体系我们在抓好各税收业务系统数据质量“全程控管”的基础上，最大限度的拓展数据采集渠...
第1页共3页书山有路勤为径，学海无涯苦作舟。开展涉税信息比对经验交流材料涉法涉诉信访工作经验交流尊敬的各位领导：随着改革开发放的不断深入和市场经济体制的不断完善以及经济、文化、地域等因素的影响，人们的思想观念发生了巨大的变化，信访问题逐渐凸显，特别是涉法涉诉案件呈逐年增多的趋势。我镇党委、政府十分重视涉法涉诉信访工作，紧紧抓住信访稳定工作不放松，坚持“三个加大，一个健全”的原则，坚持把解决问题放...
第1页共6页书山有路勤为径，学海无涯苦作舟。开展涉税信息比对经验交流材料免费分享创新加强涉税信息应用心得体会关于加强涉税信息应用的思考随着经济快速发展，纳税户数量不断增长、经营形式多样化、经营业务多元化，征纳双方信息不对称问题日益突出，对税收征管提出了新的挑战和更高的要求。整合第三方涉税信息资源，加强税收征管中第三方涉税信息利用，构建社会综合治税体系，既能节约税收征管成本，又堵塞了税收管理漏洞，...
第1页共7页书山有路勤为径，学海无涯苦作舟。安全生产人才比对问题分析1数据来源1.1调研范围考虑到经济发展水平对安全生产人才建设工作的影响，选取经济发达地区的东部省份a省（2021年人均gdp为5.92万元）和经济相对较为落后的中部省份b省（2021年人均gdp为2.87万元）进行调研。1.2调研对象及内容对两省安全生产监管监察单位、企业和安全生产专业服务机构截止2021年底的安全生产人才的数量、年龄分布、学历分布、职称分布等情况...
