BLAST介绍1BLAST2NCBIBLAST3PSIPHIBLAST4BLAST5BLASTBLASTNCBIBLASTBLAST+BLASTftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/BLAST②调取DOS命令③到达BLAST的bin目录下④建库⑤比对BLASTFTPBLASTBLASTBLASThttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK52637/DOSwindows+Rcmd‖BLASTBLASTbin:cd[:][][]:―cd\‖——―cd..‖——cd‖BLASTbin“cd”BLASTBLASTbincd‖BLASTbinC:\ProgramFiles\NCBI\blast-2.7.1+\binD...
真核生物转录的特点种类ⅠⅡⅢ转录产物rRNA的前体45SrRNAmRNA前体hnRNA,lncRNA,piRNA,miRNAtRNA,5SrRNAsnRNA一、真核生物的RNA聚合酶与原核生物相比较，真核生物的RNA聚合酶种类多，分别用于不同RNA的转录。二、真核生物转录起始Ø与原核生物相比，真核生物的转录起始需要大量的转录因子，起始过程更复杂。Ø转录因子：参与转录的蛋白质因子称为转录因子（transcriptionalfactors,TF）。Ø转录因子中，所有基因均需要的转录因子...
BLAST介绍1BLAST2NCBIBLAST3PSIPHIBLAST4BLAST2BLASTBLASTBLASTPCRNeedleman-WunschTPubChemBioAssayBLASTSmartBLAST找到与查询高度相似的蛋白质针对特定PCR模板设计引物双序列全局比对（Needleman-Wunsch）在序列中查找保守的域查找基因表达谱的匹配项搜索免疫球蛋白和T细胞受体序列搜索序列的载体污染查找具有类似保守域的序列搜索用于系统发育分析的标记使用结构域和蛋白质限制进行多序列比对在PubChemBioAssay中搜索蛋白质...
原核生物的转录过程RNA聚合酶识别并结合转录的起始区域，解链并形成转录起始复合物。一、转录起始原核生物转录过程转录起始、转录延长、转录终止-35-10+1Step1：形成闭合转录复合体holoenzymeStep2：形成开放转录复合体Step3：生成第一个3‘5’磷酸二酯键，形成转录起始复合物RNApol全酶(2ω)-DNA-pppGpN-OH3转录起始复合物Ø在RNA聚合酶作用下发生第一次聚合反应，形成第一个磷酸二酯键：5-pppG-OH+NTP5...
BLAST介绍1BLAST2NCBIBLAST3PSIPHIBLAST4BLAST5BLASTPSI-BLASTPSI-BLASTPositionSpecificIterativeBLASTBLASTPPSSM(position-specificscoringmatrix)0BLASTPSI-BLASTYY1PSI-BLAST1PSI-BLAST2PSSMPSI-BLAST342516PHI-BLASTPHI-BLASTPattern-HitInitiatedBLASTBLASTPatternPSI-BLASTYY1PHI-BLASTPROSITESCANhttps://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_proscan.htmlYY1FASTAC2H2PHI-BLASTIUPACx[]{},-<N...
BLAST介绍•••••megablast•discontinuousmegablast•blastn7•BLASTP•PSI-BLASTPositionSpecificIterativeBLASTBLAST•PHI-BLASTPattern-HitInitiatedBLASTBLAST•DELTA-BLASTPSSMBLOSUM62BLASTCompositionaladjustmentsE
DNA的生物合成生命繁衍依赖于遗传信息的准确传递导课大肠杆菌复制受精卵到成体DNA的复制目录DNA的复制特征复制所需的酶DNA复制的过程01DNA复制特征碱基互补配对；5’-3’方向延伸；1.DNA的半保留复制原核生物复制时，DNA从起始点(origin)向两个方向解链，形成两个延伸方向相反的复制叉，称为双向复制。01DNA复制特征复制中的放射自显影图象2.双向复制01DNA复制特征冈崎片段（okazakifragment）：原核生物约1000-2000核苷酸；真...
BLAST介绍1BLAST2NCBIBLAST3PSIPHIBLAST4BLAST5BLASTBLASTBasicLocalAlignmentSearchToolNCBIBLASTBLASTLabhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Newsltr/Spring99/spring99.htmAltschul博士BLAST1990BLASTAltschul,Gish,Miller,MyersandLipmanJMolBiol.1990;215(3):403-10.1997GAPPEDBLASTPSI-BLASTNucleicAcidsResearch.1997;25:3389-3402.2001PSI-BLASTNucleicAcidsResearch.2001;29:2994BLAST2009NCBIBLASTBLAST+BMCBioinformat...
UniProt蛋白质数据库UniProtPIRhttp://pir.georgetown.edu/601984PIRUniProtUniProtUniversalProteinResourceUniProthttps://www.uniprot.orgUniProt2002PIREBISIBUniProtUniProt①UniProtKB(UniProtKnowledgebase)UniProtUniProtSwiss-ProtTrEMBLUniProtUniProtKBUniProtUniProtBLASTUniProtUniProtUniProtUniProt②UniParc(UniProtArchive)UniProtUniParcUniParc标识符UPIUniParc100③UniRef(UniProtReferenceClusters)UniProtUniRefclusterUniRef100UniRef90UniRef50100%90%50%UniRefSwiss-ProtUniParcUniMESmetagenomeUniMES(UniProtMetagenomicandEnvironmentalSequences)UniProtUniProtUniProt
EMBL-EBI数据库与数据库资源EMBL-EBIEMBLUniProtEMBL-EBI概述EMBL-EBIEBIhttp://www.ebi.ac.uk/EuropeanMolecularBiologyLaboratoryEMBLEMBL-EBIEMBL-EBIEMBL-EBIEMBL-EBIEMBL-EBIEMBL-EBIEMBL-EBIEMBL-EBIEMBL-EBIEMBL-EBIEMBL-EBIEMBL-EBI一个附值的数据库，可以查看基因或蛋白质在不同条件下的表达和差异。EMBL-EBI这是一个具有药物特性生物活性分子的数据库。它汇集了化学，生物活性和基因组数据，以帮助将基因组信息转化为...
1、生物氧化2、二氧化碳的生成3、电子传递链4、化学渗透假说5、ATP合酶01O2CO2H2OO2CO2H2OATP呼吸器官血液循环细胞呼吸作用呼吸现象气体运输有机分子在细胞内氧化分解成二氧化碳和水，并释放出能量形成ATP的过程，包括物质分解和产能。01脂肪多糖蛋白质甘油脂肪酸葡糖糖其它单糖氨基酸乙酰CoATCANADH、FADH2e电子传递链ADP+PiATP?O2CoA2CO2?小分子化合物分解成共同中间产物（如乙酰CoA等）共同中间物进入三羧酸循环，底物脱下的...
UCSC基因组浏览器RNA-seqRNA-seq剪接位点6095%、47.5%、10%mRNAESTHide：densesquishpackfullmRNAmRNAYY1mRNA23YY1mRNA23YY1mRNA
UCSC基因组浏览器与数据资源UCSCUCSCUCSCUCSCGenomeBrowser（UniversityofCaliforniaSantaCruz，UCSC)UCSC概述UCSC概述UCSCUCSC概述UCSCUCSC概述UCSC概述DNAUCSC概述UCSCUCSC概述UCSC概述UCSCUCSC概述UCSC概述UCSC概述2003年以后测序完成的物种基因组序列数据由6个字符命名例如Bostau7，即牛的第7套基因组序列。Bostau7GRC20192020GRCm39UCSC概述UCSC概述UCSC概述
生物药物分析与检验第十章抗生素类药品检验-概述（一）定义抗生素（antibiotics）是指在低微浓度下即可对某些生物的生命活动有特异抑制作用的化学物质的总称。是由细菌、真菌或其它微生物在生活过程中所产生的对各种病原微生物有强大的抑制或杀灭作用的一类重要药物。1.生物合成（发酵）2.化学合成或半合成一、抗生素药物的特点（一）鉴别试验1．官能团的显色反应如β－内酰胺类的羟肟酸铁反应、氨基糖苷类的麦芽酚反应等。2．...
脂肪酸的合成是否是脂肪酸氧化降解的逆反应？不是!在线粒体或内质网中延长碳链得到长链脂肪酸。脂肪酸的生物合成两种合成方式：从乙酰CoA开始在胞液中合成16碳以下的脂肪酸。合成引物：脂肪酸合成的步骤与氧化降解步骤完全不同。二碳单位的供体：丙二酸单酰-CoA乙酰CoA的羧化产物乙酰CoA从头合成延长途径饱和脂肪酸的从头合成合成部位：肝、肾、乳腺、脂肪组织亚细胞定位：胞液合成的原料：NADPHATPCO2乙酰CoAH2O脂肪酸β氧化丙...
生物学数据库及其检索NCBI数据库与数据资源NCBINCBINCBI概述NCBIEntrezEntrezNationalCenterforBiotechnologyInformationNCBIhttps://www.ncbi.nlm.nih.govNCBINationalInstitutesofHealthNIH(NationalLibraryofMedicineNLM)NCBIhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3831/NCBINCBIhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK143764/NCBIhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21106/def-item/NCBINCBIEntrezEntrezNCBIEntrezht...
生物催化剂—酶酶学的研究历程酶催化作用特性酶高效催化机制酶的命名分类酶催化的专一性01酶学的研究历程n公元前两千多年，我国已有酿酒记载。n一百余年前，Pasteur认为发酵是酵母细胞生命活动的结果。n1877年，Kuhne首次提出Enzyme一词。n1897年，Buchner兄弟用不含细胞的酵母提取液，实现了发酵。n1926年，Sumner首次从刀豆中提纯出脲酶结晶。n1982年，Cech首次发现RNA也具有酶的催化活性，提出核酶（ribozyme）的概念。n1986...
生物催化剂—酶酶学的研究历程酶催化作用特性酶高效催化机制酶的命名分类酶催化的专一性01酶学的研究历程n公元前两千多年，我国已有酿酒记载。n一百余年前，Pasteur认为发酵是酵母细胞生命活动的结果。n1877年，Kuhne首次提出Enzyme一词。n1897年，Buchner兄弟用不含细胞的酵母提取液，实现了发酵。n1926年，Sumner首次从刀豆中提纯出脲酶结晶。n1982年，Cech首次发现RNA也具有酶的催化活性，提出核酶（ribozyme）的概念。n1986...
脂类与生物膜脂类甘油磷脂类脂类结构中的醇鞘脂类天然存在的脂肪酸脂类结构特点脂肪细胞膜结构特点01一类低溶于水而高溶于有机溶剂的生物有机分子。概念化学本质脂肪酸和醇所形成的酯类及其衍生物(大多数)。生物学功能作为代谢燃料（37KJ/g）贮存能量、防止机械损伤和热量散发生物膜的重要组成成分参与细胞识别、种的特异性、组织免疫等具有维生素和激素的功能生物体含有的主要脂类：脂肪、磷脂、糖脂、固醇等01脂肪磷脂糖脂固...
生物药物分析与检验第六章生物检定法-抗生素的微生物检定法以抗生素的抗菌活力为指标来衡量抗生素效价的一种方法分类常用琼脂扩散法-管碟法浊度法（比浊法）稀释法其中前两种被列为抗生素微生物检定法的国际通用方法抗生素微生物检定法抗生素微生物检定法是利用抗生素在低微浓度下有选择地抑制或杀死微生物的特点，以抗生素的抗菌活性为指标，来衡量抗生素中的有效成分效力的方法。抗生素微生物检定法抗生素微生物检定...
