列紧性与序列紧致性拓扑学列紧性CONTENT序列紧致性列紧性定义:如果空间中任何一个无穷子集都有聚点,则称是列紧的.定理1:紧致性蕴含着列紧性,但反之不真.证:设是一个紧致空间.给定的一个子集,我们要证明:若为无限集,则必有聚点.假设没有聚点,那么是一个闭集.于是,对于每一个,我们可以选取一个包含的开集,使得与的交仅含单点.紧致空间便被开集和这些开集所覆盖,那么其中的有限个开集就构成了的覆盖.由于与无交,并且每一个仅含有的...
Restrictionendonuclease486RestrictionEnzymedataBasehttp://rebase.neb.com/rebase/rebase.htmlREBASEhttp://nc2.neb.com/NEBcutter2/repetitivesequencerepeatedsequence2-10tRNA300bprRNAtRNA10bpDNARepbaseDNAhttp://www.girinst.org/repbase/STRBasehttp://www.cstl.nist.gov/div831/strbase/RepeatMaskerhttp://www.repeatmasker.org/
1DNA23RNADNADNAATCGDNADNA序列特征分析RNADNARNARNADNADNA分子主要携带两类遗传信息：DNADNA序列特征分析的意义CONTENTSDNAbaseratioGCGCGCcontentDNAGCGCDNAGCDNABioEdit、DNAMAN、DNAStarBioEdit：http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.htmlBioEditDNAMANDNASTARDNASTARhttp://www.dnastar.com/
多序列比对(ProgressiveMultipleAlignments)WMFitchKTYasunobu1975FengDoolittle1987guidetreeindelClustalWEBIClustalOmegahttp://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/MAFFT（MultipleAlignmentusingFastFourierTransformEBIMAFFThttp://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/mafft/DNAxyz基于一致性的方法是充分利用多个序列间的比对信息对配对比对进行更合理的计分。xizkyjProbConsT-CoffeeProbCons网址：http://probcons.stanford.edu/index.htmlT-CoffeeEBIT-Coffeehttps://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/tcoffee/DNA
多序列比对(SNPs)①动态规划算法(DynamicProgrammingAlgorithm)②渐进的多序列比对(ProgressiveMultipleAlignments)③迭代法(IterativeMethods)④基于一致性的方法(HiddenMarkovModelHMM)s=ATGCt=ATGTTATw=ATCGTAC+p（―，tj）di-1,jdi-1,j-1di,j-1di,j+p（si，―）SSi,j,k①②③④⑤⑥⑦
点阵分析的应用1(domain)2LowComplexityRegionLCR31AAGGTCAGGAACAAAGAAACAGCTGAATACCAAACAGGATATCTGTGGTAAGCGGTTCCT61GCCCCGGCTCAGGGCCAAGAACAGATGAGACAGCTGAGTGATGGGCCAAACAGGATATCT121GTGGTAAGCAGTTCCTGCCCCGGCTCGGGGCCAAGAACAGATGGTCCCCAGATGCGGTCCDNAMANLow-ComplexityRegionLCRDNA短周期重复片段、PolyAAluPPPPPLow-ComplexityRegionLCRTACTGTCCTGTGCTTAATTAAAATTGTTTTCTAACGATGTCAGAATCTATGTGTGAAAGCTCCTGTCCTGAATTTATTTT...
双序列比对BLAST(DotMatrixSequenceComparison)(DynamicProgrammingAlgorithm)Needleman-WunschSmith-WatermanK(WordorK-tupleMethods)BLASTorFASTA点阵序列比较DotMatrixSequenceComparison1970GibbsX/YβTACGGTATGACAGTATCTACGGTATGACAGTATCTACGGTATGACAGTATCTACGGTATGACAGTATCCTATGACATACGGTATG=3=3Match=1Mismatch=0ATACTACAAGACACGTACCGGCGATGCATTGAGTATCATAWindowsize=5Stringency=3Match=1Mismatch=0ATACTACAAGACACG...
替换计分矩阵12geniticcodematrixGCM3hydrophobicmatrix4PAMPointAcceptedMutation5BLOSUMBlocksAminoAcidSubstitutionMatricesjijiRij01Rijijij11→→122→→2MetAUGTyrUAUUACPAMPAMPAMDr.MargaretOakleyDayhoff(1925-1983)1978DayhoffPAM≥85%711572PAMPAM100PAMPAM11PAM1001PAM-NPAM1nPAM-NPAM250100250PAM250BLOSUMBLOSUMPAMBLOSUMAACECBLOSUMBLOSUMBLOSUM-NBLOSUM-6262%PAM——BLOSUM——BLOSUM→BLOSUM→BLOSUM62PAMBLOSUMPAMBLOSUM
替换计分矩阵EQUAEQUVEQUKAsnAspGluSerCysTrpDNAA={ACGT}unitarymatrixBLAST-transition-transversionmatrix1”0”ATCGA1000T0100C0010G0001BLAST+5”-4”BLASTATCGA5-4-4-4T-45-4-4C-4-45-4G-4-4-45-transversionDNAA→CA→TtransitionDNAA→GC→T-1”-5”-
相似和距离的定量描述DNAGCATGACGAATCAGTATGACAAACAGCGCATGACGAATCAGTATGAC-AAACAGCGCATGACGAATCAGTATGACAAACAGCHammingEditOperation用字符“-”代表空位MatchaaDeletea-ReplaceabbaEditOperation用字符“-”代表空位Insert-bbACCGACAATATGCATAATAGGTATAACAGTCAACCGACAATATGCATAACTGACAATATGGATACTAGTCGAGGCAATCTGAACAGCTTCGTTAGTCTAGTCGAGGCAATCTCTTGTCGAAGCAATCAs:AGCACACAAGCACACA...
字母表和序列表示方法4DNA{A,C,G,T}IUPACIUPACNA或C或G或T（U）V非TSG或CH非GMA或CD非CRA或GB非AWA或T（U）TT（胸腺嘧啶）KG或T（U）GG（鸟嘌呤）YC或T（U）CC（胞嘧啶）UU（尿嘧啶）AA（腺嘌呤）代码核苷酸代码核苷酸NA或C或G或T（U）V非TSG或CH非GMA或CD非CRA或GB非AWA或T（U）TT（胸腺嘧啶）KG或T（U）GG（鸟嘌呤）YC或T（U）CC（胞嘧啶）UU（尿嘧啶）AA（腺嘌呤）代码核苷酸代码核苷酸IUPACInternationalUnionofPureandAppl...
DNA与蛋白质序列比对123序列比对基础1234sequencealignmentpairwisesequencealignmentmultiplesequencealignmentglobalalignmentlocalalignmentidentityTHISISA-SEQUENCETH----ATSEQUENCE1611=68.75%SimilarityTHISISA-SEQUENCETH----ATSEQUENCETHISISASEQUENCETHAT---SEQUENCE-OHHomologyOrthologyParalogyparalogsconvergentevolutionDNA
EMBL的基因组和核酸序列资源EMBLEnsemblENAEnsemblEnsemblEnsemblhttp://asia.ensembl.org/index.htmlEnsemblhttp://asia.ensembl.org/info/index.htmlEnsemblEnsemblEnsemblEnsemblEnsemblEnsemblEnsemblEnsemblEnsemblEnsemblEnsemblEnsemblEnsemblEnsemblEnsemblEnsemblEnsemblEnsemblEnsemblEnsemblENAENAhttps://www.ebi.ac.uk/ena欧洲核苷酸数据库EuropeanNucleotideArchive，ENAENAENAINSDC
第五章序列的同源性比较及分子系统学和分子进化分析相似性和同源性关系序列的相似性和序列的同源性有一定的关系，一般来说序列间的相似性越高的话，它们是同源序列的可能性就更高，所以经常可以通过序列的相似性来推测序列是否同源。正因为存在这样的关系，很多时候对序列的相似性和同源性就没有做很明显的区分，造成经常等价混用两个名词。所以有出现A序列和B序列的同源性为80％一说。序列相似性比较和序列同源性分析序列相似...
生物序列的相似性搜索－blast简介及其应用2010年6月科教信息科2序列数据的保存格式与相关数据库资源在数据库中进行序列相似性搜索多序列比对进化树构建与分子进化分析Motif的寻找与序列的模式识别RNA二级结构，蛋白质二、三级结构的预测基因芯片的数据分析生物信息学常见的应用与软件3内容提要1.基本概念相似性，同源性2.Blast介绍Blast资源和相关问题3.Blast的应用网络版，单机版4.深入了解Blast(改进程序，算法...
GREGRE梯度回波序列的原梯度回波序列的原理与临床应用理与临床应用梯度回波的原理梯度回波的原理梯度回波是一种MR成像的回波信号，即其强度是从小变大，到峰值后又逐渐变小的。梯度回波是在射频脉冲激发后，在读出方向即频率编码方向上先施加一个梯度场，这个梯度场与主磁场叠加后将造成频率编码方向上的磁场强度差异，该方向上质子的进动频率也随之出现差异，从而加快了质子的失相位，组织的宏观横向磁化矢量很快衰减到零...
学号10780101数字信号处理设计说明书典型序列的频谱分析起止日期：2012年12月17日至2012年12月28日学生姓名汪鹏班级电信科1班成绩指导教师(签字)计算机与信息工程学院2012年12月28日天津城市建设学院课程设计任务书2012—2013学年第1学期计算机与信息工程学院电子信息工程系专业课程设计名称：数字信号处理设计题目：典型序列的频谱分析完成期限：自2012年12月17日至2012年12月28日共2周设计依据、要求及主要内容：一．课程设计...
